Der Bundesfinanzhof entschied mit Urteil vom 13.05.2009 (Az. XI R 84/07, BStBl-II-2009-868), dass dem früheren Organträger der Vorsteuerabzug zu gewähren sei, wenn der Organträger einer Organgesellschaft nach dem Leistungsbezug durch die Organgesellschaft gewechselt hat. Dass die Organgesellschaft die Rechnung erst nach der Eingliederung in den neuen Organkreis erhält, sei unbeachtlich. Im zu entscheidenden Fall verkaufte ein Organträger seine Anteile an einer Organgesellschaft an die Klägerin, welche die erworbene Gesellschaft ebenfalls als Organgesellschaft eingliederte. Zuvor hatte die Organgesellschaft Leistungen eines Dritten bezogen, für welche die Rechnung zu einem Zeitpunkt nach dem Wechsel des Organträgers erstellt wurde. Die Klägerin und neue Organträgerin begehrte den Vorsteuerabzug aus der Rechnung. Nach der Argumentation des BFH sind für den Vorsteuerabzug die Verhältnisse im Zeitpunkt des Leistungsbezugs durch die Organgesellschaft maßgebend. Eine Organgesellschaft sei zwar zivilrechtlich aus den von ihr abgeschlossenen Verträgen berechtigt und verpflichtet, umsatzsteuerlich sei sie jedoch nicht selbstständig. Daraus folge, dass die Leistungen umsatzsteuerlich für das Unternehmen des früheren Organträgers ausgeführt seien und somit diesem das Recht auf Vorsteuerabzug nach § 15 Abs. 1 Nr. 1 Satz 1 UStG zustehe. Die Erteilung einer Rechnung habe grundsätzlich keinen Einfluss auf die Entstehung des Vorsteuerabzugsrechts, sondern diene lediglich dazu, dass der Leistungsempfänger sein bereits entstandenes Vorsteuerabzugsrecht ausüben könne. Der BFH kam damit zu dem Ergebnis, dass nur der frühere Organträger zum Vorsteuerabzug berechtigt sei.
